Местом действия Prototype станет виртуальный Нью-Йорк, где безумствует вирус, превращающий людей в мутантов. Главный герой игры – Алекс Мерсер, который получил необычные способности. Он может поглощать личности убитых людей и их воспоминания, распутывая нити страшного заговора